Дезинфекция культивационных сооружений проводится как профилактически, так и в случае обнаружения у растущих в них культур признаков тех или иных заразных заболеваний. Во время нее также уничтожаются вредители.

Дезинфекция бывает сухой газовой и влажной.

При сухой газовой дезинфекции используются серные шашки или комовая сера, которые раскладывают на металлические или асбестовые подставки и поджигают. Теплица или парник при этом должны быть закрыты (по возможности герметично). Работы по окуриванию теплиц можно проводить только в противогазе, что затрудняет применение этого метода в любительских хозяйствах. Проветриваются теплицы не раньше чем через сутки. Эта разновидность дезинфекции проводится один раз в году после сбора урожая, по растительным остаткам.

Влажная дезинфекция состоит в опрыскивании теплицы или парника водными растворами карбофоса, хлорэта-нола (нередко - их смеси) или аналогичными препаратами с помощью ручных опрыскивателей. Обрабатываются как остатки растений, так и все оборудование, инвентарь, почва и остекление. Для подсобных и дачных хозяйств этот способ является намного более доступным.

Влажная дезинфекция проводится дважды: первый раз после сбора урожая, а второй - после удаления растительных остатков.